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    5/3/2009

    甲型H1N1流感病毒(原称人感染猪流感)诊疗方案(2009版)

    甲型H1N1流感病毒(原称人感染猪流感)诊疗方案(2009版)

          

    猪流感(Swine Influenza) 是甲型(A型)流感病毒引起的猪或人的一种急性、人畜共患呼吸道传染性疾病。这种病在猪中经常发生,很少导致猪的死亡(猪的病死率为1-4%)。人类很少感染猪流感病毒,但也发现一些人类感染猪流感的病例,大多数是与病猪有过直接接触的人。2009年3月,墨西哥和美国等先后发生人感染猪流感病毒,为A型流感病毒,H1N1亚型猪流感病毒毒株,该毒株包含有猪流感、禽流感和人流感三种流感病毒的基因片断,是一种新型猪流感病毒,可以人传染人。人感染猪流感后的临床早期症状与流感类似,有发烧、咳嗽、疲劳、食欲不振等,还可以出现腹泻或呕吐等症状。病情可迅速进展,突然高热、肺炎,重者可以出现呼吸衰竭、多器官损伤,导致死亡。
        一、病原学
    猪流感病毒属于正粘病毒科(0rthomyxoviridae),甲型流感病毒属(Influenza virus A) 。典型病毒颗粒呈球状,直径为80 nm~120 nm,有囊膜。囊膜上有许多放射状排列的突起糖蛋白,分别是血凝素HA、神经氨酸酶NA 和M2蛋白。病毒颗粒内为核衣壳, 呈螺旋状对称, 直径为10nm。猪流感病毒为单股负链RNA 病毒,基因组约为13.6 kb,由大小不等的8 个独立片段组成。尽管不同亚型之间可以组成很多种流感病毒血清型,但是可造成人感染猪流感病毒的血清型主要有H1N1、H1N2 和H3N2。
    猪流感病毒为有囊膜病毒,故对乙醚、氯仿、丙酮等有机溶剂均敏感,200 mL/ L乙醚4℃过夜,病毒感染力被破坏;对氧化剂、卤素化合物、重金属、乙醇和甲醛也均敏感,10 g/ L 高锰酸钾、1 mL/ L 升汞处理3min,750 mL/ L 乙醇5min,1 mL/ L碘酊5min,1 mL/ L 盐酸3min和1mL/ L甲醛30min,均可灭活猪流感病毒。猪流感病毒对热敏感,56 ℃条件下,30min可灭活;对紫外线敏感,但用紫外线灭活猪流感病毒能引起病毒的多重复活。
    二、流行病学
    在1976 年美国发生所谓的“新泽西事件”中, 大约500 人感染了猪流感H1N1亚型病毒, 该病毒与当时从猪体内分离的病毒相同,首次证实了在自然条件下, 猪流感病毒可从猪传播给人。1999年10月,香港1名10月龄女婴感染了猪流感病毒H3N2,现已完全康复。这些年来,世界各地都有人感染猪流感病毒不同病毒株的报道,但并没有大规模流行。近日墨西哥及美国等部分地区暴发了人感染猪流感疫情。世界卫生组织指出,墨西哥和美国感染的病例属于H1N1亚型猪流感病毒的一个相同毒株。
    (一)传染源。
    主要为病猪和携带病毒的猪,感染猪流感病毒的人也被证实可以传播病毒。感染这种病毒的动物均可传播。
    (二)传播途径。
    主要为呼吸道传播,也可通过接触感染的猪或其粪便、周围污染的环境或气溶胶等途径传播。某些毒株如H1N1可在人与人之间传播,其传染途径与流感类似,通常是通过感染者咳嗽或打喷嚏等。
        (三)易感人群。
    普遍易感。患者多数年龄在25岁至45岁之间,目前报道以青壮年为主,应注意老人和儿童。
    (四)高危人群。
    从事养猪业者、在发病前1周内去过养猪、销售及宰杀等场所者以及接触猪流感病毒感染材料的实验室工作人员为高危人群。
    人感染猪流感常发生在冬春季节,猪感染猪流感一般发生在夏秋季节。
    三、临床表现
    潜伏期一般1至7天左右,较流感、禽流感潜伏期长。
    (一)临床症状。
    人感染猪流感后的早期症状与普通人流感相似,包括发热、咳嗽、喉痛、身体疼痛、头痛、发冷和疲劳等,有些还会出现腹泻或呕吐、肌肉痛或疲倦、眼睛发红等。
    部分患者病情可迅速进展,来势凶猛、突然高热、体温超过39℃,甚至继发严重肺炎、急性呼吸窘迫综合征、肺出血、胸腔积液、全血细胞减少、肾功能衰竭、败血症、休克及Reye综合征、呼吸衰竭及多器官损伤,导致死亡。
        (二)体征。
    肺部体征常不明显,部分患者可闻及湿罗音或有肺部实变体征等。
        (三)预后。
    人感染猪流感的预后与感染的病毒亚型有关,大多预后良好;而感染H1N1者预后较差,病死率约为6%。
        (四)实验室检查。
    1.外周血象:白细胞总数一般不高或降低。重症患者多有白细胞总数及淋巴细胞减少,并有血小板降低;
    2.血清学诊断:可使用间接ELISA、抗原捕捉ELISA、荧光免疫法等;
    3.反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR):由于PCR技术具有简便、快速、灵敏、特异性强等特点,已用于猪流感病毒基因的检测和分子流行病学调查等;
    4.病毒分离:从患者呼吸道标本中(咽拭子、口腔含漱液、鼻咽或气管吸出物、痰或肺组织)分离猪流感病毒。常用的方法有鸡胚接种法和细胞培养法。现有的诊断方法中,病毒分离法是较敏感的,但需要2-3周时间。
    (五)胸部影像学。
    合并肺炎时肺内可见片状影像。严重病例片状影像范围广泛。
         四、诊断
    人感染猪流感的诊断主要结合流行病学史、临床表现和病原学检查等,临床上早发现、早诊断是治疗的关键。
    (一)人感染猪流感的诊断标准。
    1.医学观察病例:曾到过猪流感疫区,或与病猪及猪流感患者有密切接触史,1周内出现流感临床表现者。列为医学观察病例者,对其进行7天医学观察(根据病情可以居家或医院隔离)。
    2.疑似病例:曾到过疫区,或与病猪及猪流感患者有密切接触史(也可流行病学史不详),1周内出现流感临床表现,呼吸道分泌物、咽试子、痰液、血清H亚型病毒抗体阳性或核酸检测阳性。
    3.临床诊断病例:被诊断为疑似病例,且与其有共同暴露史的人被诊断为确诊病例者。
    4.确诊病例:从呼吸道标本或血清中分离到特定病毒;RT-PCR对上述标本检测,有猪流感病毒RNA存在,经过测序证实,或两次血清抗体滴度4倍升高,可确诊为人感染猪流感。
             人感染猪流感诊疗流程见附件
     
    (二)人感染猪流感的鉴别诊断。
    人感染猪流感应注意与流感、禽流感、上感、肺炎、SARS、传染性单核细胞增多症、巨细胞病毒感染、军团菌肺炎、衣原体、支原体肺炎等鉴别。
    五、治疗
    (一)对症支持。
    对疑似和确诊患者应进行就地隔离治疗,强调早期治疗。
    对人感染猪流感目前主要是综合对症支持治疗。注意休息、多饮水、注意营养,密切观察病情变化;发病初48小时是最佳治疗期,对高热、临床症状明显者,应拍胸片,查血气。
    (二)药物治疗。
    1.抗病毒治疗:应及早应用抗病毒药物,可试用奥司他韦(oseltamivir 达菲)。达菲是一种神经氨酸酶抑制剂,对猪流感病毒可能有抑制作用,剂量75mg  Bid, 疗程5天,儿童慎用。从美国最近的猪流感病毒感染者中分离出的病毒对奥司他韦和扎那米韦(zanamivir)是敏感的,对金刚烷胺和金刚乙胺耐药。
    2.抗生素:如出现细菌感染可使用抗生素。
    (三)中医辨证治疗。
    1.毒袭肺卫。
    症状:发热、恶寒、咽痛、头痛、肌肉酸痛、咳嗽。
    治法:清热解毒,宣肺透邪。
    参考方药:炙麻黄、杏仁、生石膏、柴胡、黄芩、牛蒡子、羌活、生甘草。
    常用中成药:莲花清瘟胶囊、银黄类制剂、双黄连口服制剂。
    2.毒犯肺胃。
    症状:发热、或恶寒,恶心、呕吐、腹痛腹泻、头身、肌肉酸痛。
    治法:清热解毒,化湿和中。
    参考方药:葛根、黄芩、黄连、苍术、藿香、姜半夏、苏叶、厚朴。
    常用中成药:葛根芩连微丸、藿香正气制剂等。
    3.毒壅气营。
    症状:高热、咳嗽、胸闷憋气、喘促气短、烦躁不安、甚者神昏谵语。
    治法:清气凉营。
    参考方药:炙麻黄、杏仁、瓜蒌、生大黄、生石膏、赤芍、水牛角。
    必要时可选用安宫牛黄丸以及痰热清、血必净、清开灵、醒脑静注射液等。
    六、预防
    (一)控制传染源。
    开展人间和猪类流感疫情监测。一旦发现猪类或其它动物感染猪流感病毒,应按照《动物检疫法》有关规定,对疫源地进行彻底消毒,对病人及疑似病人进行隔离。
    (二)切断传播途经。
    对发现有病猪的养殖场、曾销售病猪肉的摊档、患者所在单位、家庭等进行消毒,对病死猪等废弃物应立即就地销毁或深埋;收治病人的门诊和病房按禽流感、SARS标准做好隔离消毒;标本按照不明原因肺炎病例要求进行运送和处理。
    (三)保护健康人群。
    养成良好的个人卫生习惯,充足睡眠、勤于锻炼、减少压力、足够营养; 避免接触流感样症状(发热,咳嗽,流涕等)或肺炎等呼吸道病人;注意个人卫生,经常使用肥皂和清水洗手,尤其在咳嗽或打喷嚏后;避免接触生猪或前往有猪的场所;避免前往人群拥挤场所;咳嗽或打喷嚏时用纸巾遮住口鼻,然后将纸巾丢进垃圾桶;如在境外出现流感样症状(发热,咳嗽,流涕等),应立即就医(就医时应戴口罩),并向当地公共卫生机构和检验检疫部门说明。
    (四)加强院感控制措施。
    对于疑似病人或确诊病人进行隔离并佩戴外科口罩;医务人员要做好个人防护,加强手卫生,使用快速手消毒剂进行手消毒;发热门诊和感染性疾病科等重点部门的医务人员应佩戴外科口罩,必要时佩戴护目镜或防护口罩;对发热门诊和感染性疾病科等重点部门应当加强室内通风。
    猪流感疫苗:目前只有用于猪的猪流感疫苗,还没有专门用于人类的。就目前情况看,普通的流感疫苗对预防人类猪流感没有明显效果。
    12/2/2008

    艾滋病预防日刚过去14分钟


    艾滋病(AIDS):传播途径、预防、检测

    一、简介:

    艾滋病的英文名称是AIDS, 是英文Acquired Immuno Deficiency Syndrome的首个字母的缩写,翻译成中文是“获得性免疫缺乏综合症”。它是由人类免疫系统缺陷病毒HIV引起的致死性传染病。HIV,即艾滋病病毒 是艾滋病的病原体,其中文全称为人类免疫缺陷病毒。 HIV侵入人体后,破坏免疫系统,使免疫细胞数量不断下降,机体失去对疾病的抵抗能力,开始反复出现各种机会性感染。
    目前,世界上还没有经过科学证明可以治愈艾滋病的药物和方法,也没有预防艾滋病的疫苗,它的长期死亡率为100%,因此,艾滋病被人们称为“世纪杀手”。

    二、艾滋病传播途径有三种:

    ⒈性行为传播:
    异性或同性进行性交等性行为时,生殖器官的皮肤、粘膜会轻微擦伤,尽管这种擦伤的程度轻微到看不到,自己也感觉不到,但若一方带有艾滋病病毒,病毒就会乘隙而入。这是艾滋病传播的主要途径;
    ⒉血液传播:
    共用受艾滋病病毒污染未消毒或消毒不合格的医用钳子、手术器械、理发刀具,输入含艾滋病病毒血液、血液制品或器官移植以及破损、溃疡的皮肤、粘膜接触到含有艾滋病病毒的血液或粘液,都会感染艾滋病病毒;
    ⒊母婴传播:
    已受艾滋病病毒感染的孕妇分娩前通过胎盘,分娩时通过产道,分娩后通过哺乳可将艾滋病病毒传播给婴儿。
    注:据美国科学家调查,艾滋病病毒感染者在其感染的最初5个月,死亡前15个月,最容易通过性行为将病毒传给他人。

    三、艾滋病的临床表现:

      ㈠急性期
      大部分病人在艾滋病感染初期没有任何症状,但有一部分人在感染数天至3个月后,会出现如流感样或传染性单核细胞增多症状:发热、寒颤、关节肌肉酸痛、呕吐、腹泻、喉痛、疲劳等。一般在感染后2--8周血中出现艾滋病病毒抗体,最长约半年后出现。
     ㈡潜伏期(无症状艾滋病)
      平均可长达5-10年,为艾滋病病毒进入人体内生存、繁殖的阶段,不发生任何可察觉的症状,但具有传染性。化验正常,3个月后艾滋病抗体变为阳性,约有10%的患者可转为淋巴腺病期。
      ㈢艾滋病前期
       又称艾滋病淋巴腺病期,此期艾滋病已开始侵犯淋巴腺,且持续3个月以上不消退,病程一般3个月至4年,症状为:淋巴腺肿大(至少有3处:腹沟股、颈、腋 下),较硬可移动,常对称而无压痛,病理活检为良性反应或增生。无其它临床体征或仅有“疲劳、发热、夜汗、微瘦、轻泻”中一项症状,有轻度免疫缺陷, 10%病例转为艾滋病相关综合症。
      ㈣艾滋病相关综合症期
      人体受艾滋病病毒感染后,已发生临床症状。病程一般1-3年,其工 作、生活、身体健康状况已受到影响,需住院治疗。身体消瘦体重下降10%,腹泻一个月以上,热(>38℃)月余,脾大、口腔白斑、嗜睡、夜汗、皮脂性皮炎 等,化验异常:淋巴球少、血小板少、贫血,25%病人转为重症艾滋病。
      ㈤重症期
      重症艾滋病一般1.5-2.5年,第一症状常为发热(一般38℃),伴有出汗、发冷等;极度疲劳和消瘦,3个月内消瘦4kg或体重速减10%;淋巴腺肿大,持续 3个月以上,最少3处可有疼痛感;鹅口疮;持续性腹泻一周以上;咳嗽、气短;
    皮疹、皮肤斑点、斑块、紫红色、出血、易因撞伤或轻伤出血、头痛、颈硬、肌肉痛、麻木、四肢无力、抑郁、错觉、妄想等。此外,还并发多种红菌、病毒、寄生虫感染及多种肿瘤。

    四、避免:

    ⒈学习艾滋病防治知识,消除与自己无关的麻痹思想和恐惧心理、歧视行为。
    ⒉洁身自好,保持单一的性伴侣。性伴侣越多,受感染的机会就越高。
    ⒊深入了解你的性伴侣。如不能确定性伴侣是否已感染病毒,每次发生性行为时都要使用胶质的安全套(避孕套),更应注意安全套的质量和正确用法、藉以减低传染的机会。
    ⒋避免酗酒或滥用药物:酒精和药物,会使你失去理智和判断力,以致影响你的性行为。
    ⒌避免皮肤、眼睛或口腔接触到别人的血液;先戴上用完即弃的胶手套,才能替别人护理伤口。
    ⒍不要在无保护措施下接触他人的血液或伤口。
    ⒎注射器严格消毒,做到“一人一针一管”,最好用质量好的一次性注射器。
    ⒏不与别人共用牙刷、剃须刀等。
    ⒐不吸毒,如已染上毒瘾又未能戒除时,千万不要和别人共用注射器。
    ⒑不要用未经检测的血液或血制品。
    ⒒不要文身,不要到消毒不合格或不消毒的理发店、美容院理发、文眉、穿耳孔。
    ⒓患有性病的人,要积极彻底治疗,否则病灶会增加感染艾滋病的机会。
    ⒔预防母婴传播:做母亲的,只在确保自己没有染上HIV,才能令婴儿免受感染,如果夫妇未能确定彼此是否带有病毒,在决定怀孕前应先进行HIV抗体测试。
    ⒕ 不要抽烟。吸烟者在相同的生活行为方式下,比非吸烟者易受艾滋病病毒感染。艾滋病是由艾滋病毒引起的人体继发性免疫缺乏。 烟中的尼古丁及其代谢物Cotinine可在吸烟女性子宫颈分泌物中蓄积,并引起局部免疫功能的变化,使生殖系统对病毒感染的敏感性增高。吸烟对肺的巨噬 细胞也有影响,可使抗病毒淋巴细胞减少,使呼吸系统病毒感染率增加。

    五、检测:

      ㈠检测方法:
    最有效的办法是抽血测试艾滋病病毒抗体。我国各大城市的大医院和卫生防疫站都可以提供抗HIV测试,一般两三天内就可以得到结果。
    ㈡结果分析:
    ⒈HIV感染者平均在感染25天后抗体测试是阳性;
    ⒉3个月后,大多数感染者的抗体测试显示阳性;
    ⒊6个月时,99%以上的感染者HIV测试的结果是阳性,平均在感染10年后才出现症状。
    所以,如果在6个月后HIV测试呈阴性,就说明和AIDS无关。

    六、艾滋病在下列情况下不会传播:

    ⒈不会借助空气、水或食物进行传播;
    ⒉在日常工作和生活中与艾滋病病人和感染者的一般接触,如握手、拥抱、共同进餐、共用工具等不会感染艾滋病;
    ⒊不会经马桶圈、电话机、餐饮具、卧具、游泳池或公共浴池等公共设施传播;
    ⒋不会通过一般社交上的接吻、拥抱传播或通过咳嗽、蚊虫叮咬等方式传播。

    七、艾滋病免费抗病毒治疗药品名录:

    核苷类逆转录酶抑制剂,齐多夫定、司它夫定、去羟基苷、拉米夫定;非核苷类逆转录酶抑制剂,奈维拉平;蛋白酶抑制剂,茚地那韦。 八、艾滋病常见机会性感染名称:

    细菌性感染,细菌性肺炎、细菌性肠炎、败血症、皮肤损伤、细菌 性脑膜炎、结核、非结核分支杆菌感染;病毒性感染,CMV视网膜炎、单纯疱疹病毒感染、带状疱疹病毒感染;寄生虫感染,弓形体脑炎、隐孢子虫病;真菌感 染,卡氏肺囊虫肺炎、口腔和食道念珠菌感染、隐球菌脑膜炎。

    5/31/2008

    Western Blot的几点经验

    本文摘自网络,当时出于个人收藏目的,未保存作者名字,现在已无处可查,望原创见谅。
    -------------------------
        1.用脱脂奶粉封闭的效果不一定比用BSA,不过我们试过几种奶粉,有一些奶粉不太适合.推荐使用的奶粉:雀巢高钙奶粉,多力精低脂奶粉.一般国产的奶粉的颗粒比较大,不太容易溶解.
        2.关于三名治:本人以前做时花很多时间在防止短路上,现在我做的时候根本没有剪齐,最主要的是赶气泡,这是关键的关键,其实转膜的原理是电流的单向流动,现在的好多公司的转膜装置的电极是一个平面,所以不用担心短路的.(不信的可以试试!!)
        3.关于转膜时的温度:转膜时的温度比较重要,最好保持在10度以下,可以用冰浴(Pharmacia的转膜装置),也可以在转膜液中放入合适的事先准备的冰袋(-70>3小时)(Bio-Rad),这样既可以降温又可以节约Buffer.
        4.关于转膜电流和时间:一般转膜的电流在200mA-400mA之间时间为1小时,大片段的>50KD的可以选用350mA,小片段的可以用250mA,不过本人觉得上述电流均能很好的把大部分蛋白转过去.
        5.关于反复标记和再标记:一张膜上可以同时标记很多抗体,但要注意,一般在两个目的蛋白相差在5KD以上的,最好先后两个抗体是不同的二抗.在两个目的片段相差小于5KD,就需要经过处理,再标记了(Re-Blot),有些公司有再标记的现成试剂,不过比较贵,最简单的方法是:ddH2O5分钟,0.2MNaOH5分钟,再用ddH2O5分钟*3,然后可以再标记了.要做多个抗体的膜\的选择,最好用PVDF或教坚固的,推荐用AmshamHybond-P,Hybond-Extra.本人最多在一张膜上做个10个不同的抗体.
    5/24/2008

    Northern Blot

    (一)经乙二醛和二甲基亚砜变性处理后进行的RNA电泳

    这一方法原于McMasterCarmichael(1977)。含有乙二醛-DMSO的凝胶比含有甲醛的凝胶更难于进行电泳,因为前者泳动速率较慢而且需将电泳液时行循环以避免电泳过程中形成过高的H梯度。尽管上述两种凝胶具有近乎相等的分辨率(Miller1987),但用含朋乙二醛-DMSO的凝胶对RNA进行分级离,通常Northern杂交所显示的RNA条带更为锐利。
    1
    )在灭菌的微理离心管内,混匀下列液体:
    6mol/L
    乙二醛 5.4μl
    DMSO 16.0
    μ
    l
    0.1mol/L
    磷酸(pH7.0) 3.0μ
    l
    RNA
    (多达10μl 5.4μl

    市售乙二醛通常为40%溶液(6mol/L)。由于接触空气的后乙二醛易于氧化,所以使用前需通过混合床树脂(Bio-Rad AG 501-X8 对乙三醛溶液进行去离子处理,直至溶液pH值大于5.0为止,然后可分装在小份,用盖紧的小管贮存于-20℃。每小份乙二醛溶液只用1次,剩余液体应予丢弃。0.1mol/L磷酸钠(pH7.0)的配法如下:将3.9ml 1mol/L磷酸二氢钠、6.1ml 1mol/L磷酸氢二钠和90ml水混合,用DEPC处理上述溶液后高压灭菌。每一泳道至多可分析10μg RNA,通常用10-20μg细胞总RNA进行Northern杂交,可以检测高丰度mRNA(占mRNA总量的0.1%以上),如等测RNA含量极微,每个泳道应加0.5-3.0μg poly(A)+RNA
    2
    )将微量离心管盖严,将RNA溶液置于50℃温育60分钟后,用冰水浴冷却样品,离心5秒钟,使管内所有液体沉降至管底。
    3
    )于50℃温育RNA溶液的同时,灌制琼脂糖水平凝胶,用1.4%琼脂糖分析1kb以下的RNA样品,而用1%琼脂糖分析1kb以上的RNA样品。用0mmol/L磷酸钠(pH7.0)后,降温至70℃,加入碘乙酸钠固体至终浓度为10mmol/L(使RNA酶失活),再降温至50℃,制胶,加入RNA样品前一至少放置30分钟使其凝固。用于RNA电泳的电泳槽需用去污剂溶液洗净,用水冲洗,用乙醇干燥,然后灌满3H2O2,于室温放置10分钟后,用经DEPC处理的水彻底冲洗电泳槽。因乙二醛可与溴化乙锭发生化学反应,所以制胶和电泳过程中诮避免作用溴化乙锭。
    4
    )将RNA样品冷却至0℃,加入4μl灭菌的并经用DEPC处理的戊二醛-DMSO凝胶中样缓冲液,随后立即将上述样品加至凝胶加样孔。用已知大小的乙醛酰RNA作为分子量标准参照物,如用18S28S rRNA9S兔β-珠蛋白mRNA,上述RNA长度分别为63222366710个碱基。也可以从BRL购置已知大小的RNA混合物作为分子量标准照物。通常分子量标准参照物的泳道位于凝胶边缘,便于电泳后将其切去进行溴化乙锭染色,可能的话应在分子量标准参照物以及欲转移至硝酸纤维素滤膜或尼龙膜的样品之间留空一个泳道。
    乙二醛-DMSO凝胶加样缓冲液:
    50
    %甘油
    10mmol/L
    磷酸钠(pH7.0
    0.25
    %溴酚蓝
    0.25
    %二甲苯青FF
    5
    )将凝胶浸入10mmol/L磷酸钠电泳液中,以3-4V/cm电压降进行电泳,同时按图7.1对磷酸钠容液时行持续再循环,使溶液pH值维持在可被接受的限度内(pH>8.0时乙二醛将从PNA分子上解离)。另一方法为电泳时每30分钟换一次磷酸钠缓冲液。

    6
    )电泳结束后(溴酚蓝迁移出区8cm),切下分子量标准参照物的凝胶条,浸入溴化忆锭溶液(0.5μg/ml,用0.1mol/L乙酸铵配制)中染色30-45分钟。在凝胶放置一透明尺,在紫外灯下照片上每个RNA条带至加样孔的距离,以RPN片段大小的lg对数值对RNA条带的迁移距离作图,用所得曲线计算从凝胶移到固相支持体后通过杂交检出的RNA分子的大小。
    7
    RNA从凝胶转移至硝酸纤维素滤膜,将RNA转移至尼龙膜。

    (二)将变性RNA转移至硝酸纤维素滤膜

    电泳完毕后,可立即将乙醛酰RNA自琼脂糖凝胶转移至硝酸纤维素滤膜,有以下几种转移方法:毛细管洗脱法、真空转移法和电印迹法。毛细管洗脱法如下所述,真空转移法和印迹法则按有关仪器生产厂家产品说明书进行。尽管有人认为在转移前对琼脂糖凝胶进行预处理实属不必(Thomas1980)甚至有害(Thomas1983),但我们认为含甲醛的凝胶必须用经DEPC处理的水淋洗数次,除去甲醛。如果琼脂糖中浓度大于1%或凝胶厚度大于0.5cm或待分析的RNA大于2.5kb,需用0.05mol/L氢氧化纳浸泡凝胶20分钟。然后在凝胶上放置硝酸纤维素凝膜或尼龙膜,RNA随向上迁移的缓冲液转移至固相支持体(硝酸纤维素滤膜或尼龙膜)上。
    1
    )将凝胶移至一个玻璃皿内,用锋利刀片修凝胶的无用部分,在凝胶左上角(加样孔一端为上)切去一角,以作为下列操作过程中凝胶方位的标记。
    2
    )用长和宽均大于凝胶的一块Plexiglas有机玻璃或一叠玻璃板作为平台,将其放入大千烤皿内,上面放一张Whatman 3MM滤纸,倒入20xSSC使液面略低于平台表面,当平上方的3MM滤纸温透后,用玻棒赶出所有的气泡。
    3
    )用一把新的解剖刀或切纸刀裁一张硝酸纤维素滤膜(Schleicher Schuell BA85或与之相当的产品)。滤膜的长度和宽度应分别比凝胶大1mm,接触滤膜时须戴手套或用平头镊子(例如Millipore镊子),用有油腻的手接触过的硝酸纤维素滤膜不易浸温。
    4
    )将硝酸纤维素滤膜浮在去离子水表面,直至滤膜从下向上湿透为止,随后用20xSSC浸泡滤膜至少5分钟,用干净的解剖刀片切去滤膜一角,使其与凝胶的切角相对应。不同批号的硝酸纤维膜,其浸湿速率相差悬殊。如滤膜池浮在水面上几分钟后仍未湿透,应另换一张新滤膜,因为未均匀浸湿的滤膜进行RNA转移是靠不住的。这种滤膜也不必丢弃,可将其夹在用2xSSC浸湿的3MM滤纸中间,高压5分钟。通常上述处理足以使硝酸纤维素滤膜湿透。高压处理的滤膜应夹在经过高压理理并用2xSSC浸湿的3MM滤纸中间,装入塑料袋,密封后于4℃保存备用。
    5
    )将凝胶翻转后置于平台上温润的3MM滤纸中央,3MM滤纸和凝胶这间不能滞留气泡。
    6
    )用Saran包装膜或Parafilm膜围绕凝胶周边,但不是覆盖凝胶,以此作为屏障,阻止液体自液池直接流至凝胶上方的纸巾层中。并非堆放得十分整齐的纸巾,易于从凝胶的边缘垂下并与平台接触,这种液流的短路是导致凝胶中的RNA的转移效率下降的主要原因。
    7
    )在凝胶上方放置温润的硝酸纤维素滤膜,并使两者的切角相重叠。滤膜的一条边缘应刚好超过凝胶上部加样孔一线的边缘。滤膜置于凝胶表面适当位置后,就不应轻易移动,滤膜与凝交之间不应留有气泡。
    8
    )用2xSSC溶液浸湿两张与凝胶同样大小的3MM滤纸,温润的放置在湿润的硝酸纤维滤膜上方。用玻璃棒赶出其间滞留的气泡。
    9
    )切一叠(58cm高)略小于3MM滤纸的纸巾,将其放置在3MM滤纸的上方。并在纸巾上方放一块越境玻璃板,然后用-500g的重物压实。其目的是建立液体自液池经凝胶向硝酸纤维素滤膜的上行流路,以洗脱凝胶中的RNA并使其聚集在硝酸纤维素滤膜上。
    10
    )使上述RNA转移持续进行618小时,每当纸巾浸湿后,应换凝的纸巾。
    11
    )转移结束后,揭去凝胶上方的纸巾和3MM滤纸,翻转凝胶和硝酸纤维素滤膜,以凝胶的一面在上,置于一张干的3MM滤约纸上,用一支极软铅笔或圆珠笔,在滤膜上标记凝胶加样孔的位置。
    12
    )从硝酸纤维素滤膜上剥离凝胶弃之。以6xSSC溶液于室温浸泡滤膜5分钟,这一步可以除去粘着在滤膜上的琼脂糖碎片。从6xSSC溶液中取出滤膜,将滤膜上的溶液滴尽后平放在一张纸巾上。于室温晾干30分钟以上。为估计RNA的转移效率,可将胶置于溴化乙锭溶液(0.5μg/ml,以0.1mol/L乙酸铵配制)中染色45分钟,于紫外灯下观察。
    13
    )将晾干的滤膜放在两经张3MM滤纸中间,用真空炉于80℃干烤0.5-2小时。如干烤时间过长,滤膜极易脆裂并可能发黄。如果滤膜并不立即用于杂交实验,可用铝箔宽松地包裹起来,在真空下贮存于室温。
    14
    )仅适用于滤膜上含有乙醛酰PNA的情况:杂交前需用20mmol/L Tris.Cl(pH8.0)65℃洗膜,除去RNA上的乙二醛分子。

    (三)转移至硝酸纤维素滤膜前后进行的RNA染色

    RNA自琼糖凝胶转移至硝酸纤维素滤膜之前,溴化乙锭的染色时间一般不宜过长,这是因为被染料饱和的核酸分子,其转移效率有所降低。然而,用溴化乙锭作短暂染色,既不至于对核酸转移过程产生可以察觉的掏作用,又独具同时检测凝胶和凝膜上的RNA的优点。
    1.方法I
    1)电泳结束后,含乙二醛-DMSO的凝胶应浸入含溴化乙锭(0.5μg/ml)的10mmol/L磷酸钠(pH7.0)溶液。甲醛凝胶需用无RNA酶的水淋洗,用20xSSC溶液浸泡,随后用含溴化乙锭(0.5μg/ml)的20xSSC溶液染色。
    2)于室温染色5-10分钟,在紫外灯下观察,照像。
    3)按前所述方法,将凝胶中的RNA转移至硝酸纤维素滤膜,转移后能常在学光下也可看出已染色的RNA条带。
    这种方法仅适用于每一泳道均含有相当大量(如5μg以上)的RNA的情况。
    2.方法Ⅱ
    硝酸纤维素滤膜上的RNA也可以用下述方法染色:从干烤后的硝酸纤维素滤膜上剪下所需的条带进行染色,也可以用经过杂交并经X光片曝光后的整张滤膜进行染色(A.fstratiadis,未了表材料)。
    1)将干燥的滤膜浸入5%冰乙酸中,于室温浸泡15分钟。
    2)再将滤膜转移至0.5mol/L乙酸钠(pH5.2)、0.04%亚甲蓝溶液中,于室温浸泡5-10分钟。
    3)用水淋洗滤膜5-10分钟后,可见RNA分子量标准参照物带型锐利而poly(A)+mRNA为一模糊带型,由许多长度范围从500碱基以下至5kb以上的各种mRNA共同组成,mRNA的平均长度约为2kb

    (四)杂交和放射自显影

    固定于滤膜上的RNA的预杂交、杂胶及淋洗等条件,与DNA杂交的相应条件基本相同。现简述如下:

    1)用下列两种溶液之一进行预杂交,时间12小时。若于42℃进行,应采用。
    50
    %甲酰胺
    5xSSPE
    2xDenhardt
    试剂
    0.1
    SDS
    若于68℃进行,应采用:

    6xSSC
    2xDenhardt
    试剂
    0.1
    SDS
    2
    )在预杂交液中加入变性的放射性标记探针,如欲检测低丰度mRNA,所用探针的量至少为0.1μg,其放射性比活度应大于2x108计数/(分·Mg)在适宜的温度条件下继续温育16-24小时。切记RNA只与双链DNA中一条单链互补,因此如用单链探针,则必须是能与RNA互补的一条单链。

    3
    )用1xSSC0.1SDS于室温洗漠20分钟,随后用0.2xSSX0.1SDS68℃洗膜3次每次20分钟。
    4
    )用X光片(Kodak XAR-2或与之相当的产品)进行放射自显影,附加增感屏于-17℃曝光24-48小时。

    Southern Blot

    1. Run the gel as normal. Often for genomic southerns it is desirable to run long gels (18cm) over 4-6hrs.

    2. Photograph the gel with a ruler adjacent to the molecular weight markers as a reference.

    3. Alkali transfer buffer = 0.5M NaOH (20g/lt), 1.5M NaCl (87.66 g/lt). Prepare 1 litre for one gel and another 750ml for each additional gel. BEWARE This buffer is very dangerous, capable of causing severe eye damage. Use the large volumes involved in this procedure with care and wear protective glasses.

    4. Add the gel to 250ml alkali transfer buffer, plus 125ml for each additional gel.

    5. Place gel on rocker with buffer solution for 20 mins. NOTE low % agarose gels must be agitated slowly to prevent tearing.

    6. Keep remaining 500ml for the transfer tank.

    Wear gloves for the following steps

    7. Cut 2 pieces of large 3MM paper (wicks) and 2 pieces about 2mm smaller than the gel on each edge and one piece of nylon (Hybond N+, Amersham) the same size as the gel.

    Large gel (HFI) Medium gel Mini gel

    2 (14 x 19 cm) 2 (15.2 x 10) 2 (9 x 5.2)

    2 (14 x 32cm) 2 (15.2 x 32) 2 (18.5 x 5.2)

    Cut a stack of paper toweling about 2mm smaller than the gel. The stack needs to be about 6cm thick.

    8. Prewet nylon in DDW, then soak in alkali transfer buffer.

    9. Add buffer to transfer tank to the level of the platform. Wet the long wicks in transfer buffer and place in the tank.

    10. Place gel on platform and spoon on transfer buffer. Add the Nylon and smooth out any bubbles with the back of your finger.

    11. Add the 2 slightly smaller 3MM filters, the first prewetted, the second dry.

    12. Add the stack of paper towels. NOTE it is very important that the edges of the towel do not touch the wicks that the gel is sitting on or the transfer will be " shortcircuited".

    13. Top the stack with a glass or plastic plate and a weight (a bottle with about 200-300ml H2O is ideal). Too much weight compresses the gel and terminates the transfer early.

    14. Allow to transfer o/n and then remove the stack carefully. Mark the position of the wells on the filter with a biro (and note position of well #1) before removing the filter. Soak the filter in 0.5M Tris pH 7.5, 1.5M NaCl for 5min. after removal from the gel.

    15. Add filter to 200ml 2 X SSC and allow to soak without agitation for 5'.

    16. Remove filter and blot dry and bake at 80? for 2hr or place in autoclave for 10' when not operating but warm.

    17. Prehybridize with 10ml Aqua. hyb. (Reagents), 1% SDS and 100ug/ml boiled herring sperm DNA for 20-30 minutes (cloned DNA southern) to several hrs (genomic southern). 18. Boil probe for 3' and add to 3ml of fresh hyb solution/SDS/Herring DNA. Squeeze prehyb from the bag and add probe. Seal, avoiding air bubbles and distribute the probe well. Incubate for 4-6hr+ (cloned DNA) to 16-20hr (genomic southern). Washes are performed in 2 to 0.2X SSC, 0.1% SDS depending on homology of probe to target.

    4/30/2008

    医学生誓言

        健康所系,性命相托。
        当我步入神圣医学学府的时刻,谨庄严宣誓:
        我志愿献身医学,热爱祖国,忠于人民,恪守医德,尊师守纪,刻苦钻研,孜孜不倦,精益求精,全面发展。
        我决心竭尽全力除人类之病痛,助健康之完美,维护医术的圣洁与荣誉。救死扶伤,不辞艰辛,执著追求,为祖国医药卫生事业的发展和人类身心健康奋斗终生。

    希波克拉底誓言

    来源:国家医学考试网
     
    医神阿波罗、埃斯克雷彼斯及天地诸神作证,我——希波克拉底发誓:
    我愿以自身判断力所及,遵守这一誓约。凡教给我医术的人,我应像尊敬自己的父母一样,尊敬他。作为终身尊重的对象及朋友,授给我医术的恩师一旦发生危急情况,我一定接济他。把恩师的儿女当成我希波克拉底的兄弟姐妹;如果恩师的儿女愿意从医,我一定无条件地传授,更不收取任何费用。对于我所拥有的医术,无论是能以口头表达的还是可书写的,都要传授给我的儿女,传授给恩师的儿女和发誓遵守本誓言的学生;除此三种情况外,不再传给别人。
    我愿在我的判断力所及的范围内,尽我的能力,遵守为病人谋利益的道德原则,并杜绝一切堕落及害人的行为。我不得将有害的药品给予他人,也不指导他人服用有害药品,更不答应他人使用有害药物的请求。尤其不施行给妇女堕胎的手术。我志愿以纯洁与神圣的精神终身行医。因我没有治疗结石病的专长,不宜承担此项手术,有需要治疗的,我就将他介绍给治疗结石的专家。
    无论到了什么地方,也无论需诊治的病人是男是女、是自由民是奴婢,对他们我一视同仁,为他们谋幸福是我惟一的目的。我要检点自己的行为举止,不做各种害人的劣行,尤其不做诱奸女病人或病人眷属的缺德事。在治病过程中,凡我所见所闻,不论与行医业务有否直接关系,凡我认为要保密的事项坚决不予泄漏。
    我遵守以上誓言,目的在于让医神阿波罗、埃斯克雷彼斯及天地诸神赐给我生命与医术上的无上光荣;一旦我违背了自己的誓言,请求天地诸神给我最严厉的惩罚!
     
    I swear by Apollo Physician by Asclepius, by Health, by Panacea, and by all the gods and goddesses, making them my witnesses, that I will carry out, according to my ability and judgment, this oath and this indenture.
    To hold my teacher in this art equal to my own parents; to make him partner in my livelihood; when he is in need of money to share mine with him; to consider his family as my own brothers, and to teach them this art, if they want learn it, without fee or indenture.
    To impart precept, oral instruction, and all other instruction to my own son, the sons of my teacher, and to indentures pupils who have taken the physician's oath, but to nobody else.
     I will use treatment to help the sick according to my ability and judgment, but never with a view to injury and wrongdoing. Neither will I administer a poison to anybody when asked to do so, nor will I suggest such a course.
    Similarly, I will not give to a woman a pessary to cause abortion. But I will keep pure and holy both my life and my art.
    I will not use the knife, not even, verily, on sufferers from stone, but I will give place to such as are craftsmen therein, Into whatsoever houses I enter, I will enter to help the sick, and I will abstain from all intentional wrongdoing and harm, especially from abusing the bodies of man or woman, bond or free.
    And whatsoever I shall see or hear in the course of my profession, as well as outside my profession in my intercourse with men, if it be what should not be published abroad, I will never divulge, holding such things to be holy secrets.
    Now, if I carry out this oath, and break it not, may I gain forever reputation among all men for my life and for my art; but if I transgress it and forswear myself, may the opposite befall me.

    世界医师会日内瓦宣言

    来源:国家医学考试网
     
    自被批准从事医药工作之日起,就要为人道主义贡献一生。
    对恩师要表示尊敬和感谢。
    要以良心和尊严来从事医学实践。
    要把患者的健康和生命,作为首要关心的事。
    严守患者的一切秘密。
    维护医务职业的荣誉和崇高传统。
    把同行当作自己的兄弟。
    不以种族、宗教、国籍、政党、政治派别如何及社会地位的高低来区别对待患者。
    对人类自其生命受胎之时始,就给予至高无上的尊重。
    无论在任何压力下,也不能滥用自己的知识而违背人道。
     
    Declaration of Geneva
    At the Time of Being Admitted as a Member of the Medical Profession:
    I solemnly pledge myself to consecrate my life to the service of humanity.
    I will give to my teachers the respect and gratitude which is their due;
    I will practice my profession with conscience and dignity;
    The health of my patient will be my first consideration;
    I will respect the secrets which are confided in me;
    I will maintain by all the means in my power, the honor and the noble traditions of the medical profession;
    My colleagues will be my brothers;
    I will not permit considerations of religion, nationality, race, party politics or social standing to intervene between my duty and my patient;
    I will maintain the utmost respect for human life, from the time of conception; even under threat, I will not use my medical knowledge contrary to the laws of humanity.
    I make these promises solemnly, freely, and upon my honor. 
    4/26/2008

    颅内高压综合征

    颅内高压综合征不是一个独立的疾病,它是由于脑血管病、颅内肿瘤或炎症等一些颅内疾患,引起脑脊液分泌增多,脑血液循环障碍,脑组织水肿,脑内压增高(卧位超过19.6千帕)所导致的一系列临床症状。主要表现是:
      (1)头痛 是颅内高压的一个特征症状,是由于颅内敏感神经,如脑膜、血管神经受到刺激所引起的。多为持续性疼痛。头痛部位多位于额部或双侧颞部,并常牵涉到枕部和颈部,而曲颈活动,剧烈咳嗽,或用力大便时,可使疼痛加重。
      (2)呕吐 多与头痛同时发生,常为喷射性反复发生,不伴恶心,若丘脑下部受损可出现呕血。呕吐发生的原因,一般认为是颅内高压,延脑的呕吐中枢受到刺激所致。
      (3)视乳头水肿 是颅内高压的又一重要体征,主要是因视网膜静脉向颅内回流受阻所引起。临床表现,早期视乳头充血,边界不清,中心凹陷,隐约欠清晰。当颅内压继续升高时可见视乳头水肿,中心凹陷消失,视网膜可见点状出血。视乳头水肿早期,视力和视野多不受影响。长期颅内高压可发生视神经萎缩,最终导致失明。
      (4)意识障碍 意识障碍的程度与颅内高压的轻重有关。轻者病人表现为表情呆滞,反应迟钝,昏睡;严重时可发生昏迷。急性脑血管病出现意识障碍,常见于脑出血和大面积脑梗塞,是因脑组织受压或缺血坏死,脑脊液回流受阻,颅内压持续增高所致。一般预后较差,应注意积极防治。
      (5)呼吸障碍 轻者病人表现呼吸节律和幅度发生紊乱,呼吸不规则,每次呼吸的深浅度不等,频率欠均匀。严重时出现呼吸衰竭,病人表现周期性呼吸、双吸气、抽泣样呼吸等,若抢救不及时,会很快死亡。呼吸衰竭的发生机制,是因脑水肿,颅内高压,损害了脑干和延脑的呼吸中枢所引起的。
      (6)癫痫样发作 颅内高压可使局部脑组织软化坏死,病灶周围的神经细胞发生病理性放电所致癫痫样发作,病人表现突然抽搐,全身挺直或病灶对侧肢体阵发性痉挛收缩。但当颅内压降低后,症状也可得到暂时缓解。
      总之,对颅内高压综合征要高度警惕,密切观察病情,作到及时发现,及时治疗。
    3/30/2008

    心电图小结

    窦性心律:
    P波规律出现,后面跟有QRS波群,P-P间隔相等。通常P波的振幅在II导联和V1导联最高,II、III、avF导联P波直立。
    正常窦性心律时心率在60-100次/分,心率高于100次/分称窦性心动过速,心率低于60次/分时称窦性心动过缓,P-P或R-R间期的差值大于0.12s时称为窦性心律不齐。
    冠状窦心律:
    P波规律出现,但在II、III、avF导联P波倒置。此类心律起源点多在冠状静脉窦。
    心房内游走心律:
    P波形态各不相同, P波直立和倒置出现在同一导联内。
    房性心动过速:
    P"波形态与窦性P波不同,心率常在100-150次/分之间。其中P"波形态各异,P"- P"、 P"-R不等者称为"多形性"或"紊乱性"房性心动过速,常见于有严重肺动脉疾患的病人(下图为多形性房速)。
    心房扑动:
    心房波动规则,P波消失,代之以"F"波,"F"波在II、III、avF导联清晰,波间匀齐相差不超过0.02s,"F"波频率在240-430bpm,房室传导比例不定,常合并有不同程度的房室阻滞
    心房颤动:
    P波消失,代之以"f"波,"f"波在V1和II导联较易识别,"f"波频率在350-600bpm ,RR间期绝对不等,若合并完全性房室阻滞时可出现RR间期相等
    交界性心律:
    起搏点在房室结,下传心室同时逆传心房,P波在II、III、avF导联常倒置,可以埋藏于QRS波中而不可见,也可能跟随在QRS波之后(如下图),QRS波与窦性心律时相似。结性心律的频率通常在40-55bpm,快于此范围时称交界性心动过速。
    阵发性室上性心动过速:
    有房室折返和房室结折返两种,前者发生机制为房室旁路参与,后者发生机制为房室结双径路。心率通常在160-220bpm。P波规律出现,可以埋藏于QRS波中而不可见,也可能跟随在QRS波之后(多为倒置的逆行P波,如右图)。QRS波可稍有不齐

    20种标准氨基酸的命名

    氨基酸  三字标  一字标  全名
     
    丙氨酸  Aln   A  Alanine
    精氨酸  Arg  R  Arginine
    天冬氨酸  Asn  N  Asparagine
    天冬酰胺  Asp  D  Aspardic
    半胱氨酸  Cys  C  Cysteine
    谷胱酰胺  Glu  E  Gluetamic
    谷氨酸  Gln  Q  Gluetamine
    甘氨酸  Gly  G  Glycine
    组氨酸  His  H  Histidine
    异亮氨酸  Ile  I  Isoleucine
    亮氨酸  Leu  L  Leucine
    赖氨酸  Lys  K  Lysine
    蛋氨酸  Met  M  Methionine
    苯丙氨酸  Phe  F  Fenylalanine
    脯氨酸  Pro  P  Proline
    丝氨酸  Ser  S  Serine
    苏氨酸  The  T  Threonine
    色氨酸  Trp  W  Tryptophan
    酪氨酸  Tyr  Y  Tyrosine
    缬氨酸  Val  V  Valine

    细菌的冻存和复苏

    本文摘自网络,当时出于个人收藏目的,未保存作者名字,现在已无处可查,望原创见谅。
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    【材料】
    1、LB;2、甘油;3、保存管
    【方法】
    保藏液体培养基中生长的培养物
    1、1.5ml培养物中加0.5ml灭菌的60%甘油[经15psi(1.05kg/cm2)20min灭菌]。
    2、用旋涡混合器混合确保甘油分散均匀。
    3、将培养物转移到已贴好标签并带有螺盖和空气密封圈的保存管内。
    4、将培养物在乙醇-干冰或液氮中冻结,再置-70℃长期保藏。
    5、菌种复苏时,用灭菌的接种环刮拭冻结的培养物表面,立即将黏附在接种环上的细菌划在含有适当抗生素的LB琼脂平板表面。将冻结的培养物放回-70℃冻存,平板于37℃培养过夜。从-70℃以下冰箱中取出一份冻存的感受态细菌,于室温慢慢融化,立即放在冰上10min
     
    保藏琼指平板上生长的培养物
    1、刮下琼脂平板表面生长的细菌。转移至含2mlLB培养基的无菌试管中,再加等体积含30%甘油的LB。
    2、用旋涡混合器混合确保甘油分散均匀。
    3、将含甘油的培养物分装到带有螺盖和空气密封圈的保存管内,按上述方法冻结。
     
    文章出处:医学知识 www.hope.net.cn
    3/29/2008

    PCR引物设计的11条黄金法则

    本文摘自网络,当时出于个人收藏目的,未保存作者名字,现在已无处可查,望原创见谅。
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    1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。
    DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。

    2.引物长度一般在15~30碱基之间。
    引物长度(primer length)常用的是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。

    3.引物GC含量在40%~60%之间,Tm值最好接近72℃。
    GC含量(composition)过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外,上下游引物的Tm值(melting temperature)是寡核苷酸的解链温度,即在一定盐浓度条件下,50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度,一般高于Tm值5~10℃。若按公式Tm= 4(G+C)+2(A+T)估计引物的Tm值,则有效引物的Tm为55~80℃,其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。

    4.引物3′端要避开密码子的第3位。
    如扩增编码区域,引物3′端不要终止于密码子的第3位,因密码子的第3位易发生简并,会影响扩增的特异性与效率。

    5.引物3′端不能选择A,最好选择T。
    引物3′端错配时,不同碱基引发效率存在着很大的差异,当末位的碱基为A时,即使在错配的情况下,也能有引发链的合成,而当末位链为T时,错配的引发效率大大降低,G、C错配的引发效率介于A、T之间,所以3′端最好选择T。

    6. 碱基要随机分布。
    引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错误引发(False priming)。降低引物与模板相似性的一种方法是,引物中四种碱基的分布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C,因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。

    7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。
    引物自身不应存在互补序列,否则引物自身会折叠成发夹结构(Hairpin)使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。
    两引物之间也不应具有互补性,尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止引物二聚体(Dimer与Cross dimer)的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。
    引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话,应尽量使其△G值不要过高(应小于4.5kcal/mol)。否则易导致产生引物二聚体带,并且降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行。

    8. 引物5′ 端和中间△G值应该相对较高,而3′ 端△G值较低。
    △G值是指DNA 双链形成所需的自由能,它反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性,△G值越大,则双链越稳定。应当选用5′ 端和中间△G值相对较高,而3′ 端△G值较低(绝对值不超过9)的引物。引物3′ 端的△G 值过高,容易在错配位点形成双链结构并引发DNA 聚合反应。(不同位置的△G值可以用Oligo 6软件进行分析)
     
    9.引物的5′端可以修饰,而3′端不可修饰。
    引物的5′ 端决定着PCR产物的长度,它对扩增特异性影响不大。因此,可以被修饰而不影响扩增的特异性。引物5′ 端修饰包括:加酶切位点;标记生物素、荧光、地高辛、Eu3+等;引入蛋白质结合DNA序列;引入点突变、插入突变、缺失突变序列;引入启动子序列等。
    引物的延伸是从3′ 端开始的,不能进行任何修饰。3′ 端也不能有形成任何二级结构可能。

    10. 扩增产物的单链不能形成二级结构。
    某些引物无效的主要原因是扩增产物单链二级结构的影响,选择扩增片段时最好避开二级结构区域。用有关软件(比如RNAstructure)可以预测估计mRNA的稳定二级结构,有助于选择模板。实验表明,待扩区域自由能(△G°)小于58.6l kJ/mol时,扩增往往不能成功。若不能避开这一区域时,用7-deaza-2′-脱氧GTP取代dGTP对扩增的成功是有帮助的。

    11. 引物应具有特异性。
    引物设计完成以后,应对其进行BLAST检测。如果与其它基因不具有互补性,就可以进行下一步的实验了。
    值得一提的是,各种模板的引物设计难度不一。有的模板本身条件比较困难,例如GC含量偏高或偏低,导致找不到各种指标都十分合适的引物;用作克隆目的的PCR,因为产物序列相对固定,引物设计的选择自由度较低。在这种情况只能退而求其次,尽量去满足条件。

    做Real Time时,用于SYBR Green I法时的一对引物与一般PCR的引物,在引物设计上所要求的参数是不同的。引物设计的要求:
    1)避免重复碱基,尤其是G.
    2)Tm=58-60度。
    3)GC=30-80%.
    4)3\'端最后5个碱基内不能有多于2个的G或C.
    5)正向引物与探针离得越近越好,但不能重叠。
    6)PCR扩增产物长度:引物的产物大小不要太大,一般在80-250bp之间都可;80~150 bp最为合适(可以延长至300 bp)。
    7)引物的退火温度要高,一般要在60度以上;

    要特别注意避免引物二聚体和非特异性扩增的存在。

    而且引物设计时应该考虑到引物要有不受基因组DNA污染影响的能力,即引物应该跨外显子,最好是引物能跨外显子的接头区,这样可以更有效的不受基因组DNA污染的影响。

    至于设计软件,PRIMER3,PRIMER5,PRIMER EXPRESS都应该可以的。

    做染料法最关键的就是寻找到合适的引物和做污染的预防工作。对于引物,你要有从一大堆引物中挑出一两个能用的引物的思想准备---寻找合适的引物非常不容易。

    关于BLAST的作用应该是通过比对,发现你所设计的这个引物,在已经发现并在GENEBANK中公开的不物种基因序列当中,除了和你的目标基因之外,还有没有和其他物种或其他序列当中存在相同的序列,如和你的目标序列之外的序列相同的序列,则可能扩出其他序列的产物,那么这个引物的特异性就很差,从而不能用。